Оплата медичних послуг за програмою медичних гарантій створює для КНП низку питань з ПДВ, коли розрахунки проводить НСЗУ бюджетними коштами, а місячні звіти включають коригування за попередні періоди. У фокусі — визначення податкового періоду та події, з якою пов’язують виникнення зобов’язань з ПДВ за послугами. Окремо розглядається, як співвіднести вартість послуг за поточний місяць із сумою до сплати після від’ємного коригування та яку суму відобразити у податковій накладній. Також окреслено питання розрахунку коригування до накладних попередніх періодів, якщо раніше перераховані кошти не повертають, а зараховують у рахунок оплати майбутніх медичних послуг.